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我国科学家将SCI引入中国科研与大学评价，大约始自1987年已故著名科学计量学家赵红州教授带领我们几个在《科技日报》发表了基于SCI的中国大学排行榜。从国内反应来看，开始是怀疑与反对者居多；后来则几乎一边倒地欢迎和各单位不同程度地将其纳入科研行政管理规范；与此同时，也出现了机械或片面甚至滥用SCI作为硬指标手段，一刀切地进行科研评价与大学评价的情形。国人中有一些人对SCI的愤怒或偏见，大抵出于对SCI行政滥用的自然反应。细究其因，若依愚见，愤怒之处主要在两个方面：一是科学计量学指标被行政部门采纳，并比较普遍而又刚性地应用于科研评价及大学评价，在中国大体上要比西方发达国家早。有人说是“我国现有的基础研究评价体系参考了国际上的基本做法”，是“把西方科学评价标准绝对化”。其实是说倒了，不是我们参考了国外，而是恰恰在这一方面是我们领先于国外，甚至还影响了国外。由于科学计量学本身尚在成长与成熟之中，其应用于科研评价或大学评价，既无前例可循，中国科学界自己又没有作好准备（包括同行评议的积累甚是不足），出现“愚蠢的中国指数”（有人愤怒地将SCI改写为Stupid Chinese Index）之词狠批SCI这件外来货，也就不足为怪了。二是高度集中统一的行政模式，成倍乃至成十倍地放大了因SCI不当使用而带来的负面效应，给广大科研人员，特别是优秀科学家增添烦扰不说，更是成了禁锢乃至扼杀他们科学创新精神的帮凶。至于有些单位走到另一个极端，正式发文以限制SCI工具的使用，不堪为训，因为他们犯的是列宁批评过的“泼脏水的时候连同小孩也一起泼掉”的错误。
还有一种批评意见认为，因为SCI作为评价工具的出现，“催生了许多平庸不堪的论文和专著”，现在中国在SCI上的文章已经很多了。客观而论，对中国科学来说，还没足够资本说中国被SCI收录的论文“很多了”，恰恰相反，是太少了！前东京大学校长曾在北京一次中外大学校长论坛上说过，他的学校文章还要提高质量，而那是在差不多10年前，东京大学像美国哈佛大学一样每年发表的文章被SCI收录数量几乎等于我国全部大学被SCI收录论文的总和！也大约是那段时间，笔者曾在应邀为科技部一年一度的科技指标新闻发布会上作即席感言时说过：“在座的，不论是部级大学还是局级大学，部级科研单位还是局级处级科研单位，在发表被SCI收录的论文这个问题上，建议各位请在贵校校长办公室的门上写上：SCI论文，数量第一。千万别用国人常说的什么粗制滥造、一篇拆成几篇发表或开后门投稿之类去猜度，因为SCI几乎囊括了全世界全部优秀科学期刊，其所以能优秀，皆缘于这些期刊都有严格的包括同行评审在内的遴选标准”；“如果我国某所大学每年发表被SCI收录的论文数能达到七八千至一万篇，达到哈佛大学、东京大学现在的水平，那么，那里就决不是粗制滥造的论文工场，而是拥有不可估量的知识资本的、响应党中央号召积极开展知识创新的典范学府”。
马克思说过：“科学只有她成功地应用数学的时候，才算达到了完善的地步。”美国国家科学基金会的两位科学家储彬（Daryl E. Chubin）和赫凯特（Edward J. Hackett）在他们合著的《没有同行的科学》中指出：“同行评议中与世隔绝的保密问题，必须提出来讨论研究；同行评议应当用文献计量学的信息充实自身，使得我们能够把对科学产出的认识，应用到同行评议的活动中去。应当邀请科学学家参加进来，一同考查这个同行评议制度。”随着以杂志为中心的同行评议过程逐渐转向以信息网络为中心的绩效评价过程，现在人们已经比较熟悉的科学计量学、文献计量学、情报计量学的计量技术，连同当代同行评议的形式和内容，很可能要予以重新解释和规定。
